錦衣衛主要職能為“掌直駕侍衛、巡查緝捕”，其首領稱為錦衣衛指揮使，一般由皇帝的親信武將擔任，直接向皇帝負責。可以逮捕任何人，包括皇親國戚，並進行不公開的審訊。
洪武二十年（1387年），朱元璋下令焚毀錦衣衛刑具，所押囚犯轉交刑部審理；同時下令內外獄全部歸三法司審理，將錦衣衛廢除。不過，始作俑時心術已壞而造成的弊政是難以斷根的，到燕王朱棣起兵奪得帝位時，朱棣為了鞏固統治又恢複錦衣衛。兩任皇帝得目的都是駕馭不法群臣與鞏固自己得政權。
明成祖朱棣登基之後，恢複了錦衣衛的所有權力，並有所加強
他設置了北鎮撫司，專理“詔獄”，可以直接逮捕和拷問犯人，刑部、大理寺、都察院這些司法機關無權過問。
明憲宗成化年間明憲宗朱見深又增鑄了北鎮撫司印信，一切刑獄專呈皇帝，毋須通過指揮使轉達，使錦衣衛北鎮撫司成為皇帝直轄的司法機構，權力達到極致。負責偵察、緝捕的錦衣衛官校稱為“緹騎”。由於權力缺乏限製，沒有相關法令約束於相關部門監督，一些錦衣衛為了邀功請賞而羅織罪名，不擇手段地擴大牽連範圍，造成成化年間之後的錦衣衛聲名狼藉。
民間流傳這樣一句話——但凡進入錦衣衛的監牢胖子也能變成瘦子，富人也能變成窮人。
在職能上錦衣衛首先是皇帝的侍衛親軍和儀仗隊，由將軍、校尉和力士組成。
將軍初名“天武”，永樂時改稱“大漢將軍”，選取體貌雄偉、有勇力者充任，作為殿廷衛士。校尉、力士揀選民間身體健康、沒有前科的男子充任，校尉掌管鹵簿、傘蓋，力士舉持金鼓、旗幟。
平日裏沒有朝會活動時，各衛親軍分別值守皇城四門，唯獨錦衣衛將軍在午門外晝夜守衛，總共100人。午門是宮城的正門，可見錦衣衛地位之高。
皇帝在奉天門禦門聽政的時候，錦衣衛堂上官一員侍立在禦座西側，負責傳旨。錦衣衛將軍一百二十九人與千戶二人、百戶四人，分別守護在丹陛、禦道、金水橋以及奉天門廣場的各個門前。此外還有錦衣衛校尉五百人，排列在午門內外，負責鳴鞭及
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